MOLECULAR DYNAMICS / PREPARATION

蛋白质结构准备

在启动分子动力学模拟前，检查 PDB 结构、定位缺失的重原子，配置自动修复策略，为 GROMACS / AMBER 准备可靠的初始蛋白结构。检测为只读，修复仅在您确认选项后执行。

乌镇 PDBFixer 已接入缺失重原子检查链与异源分子识别修复结果下载

分子动力学 · 模块入口

独立路径 /modules/structure-prep.html

1上传结构

2结构诊断

3修复配置

4结果导出

上传蛋白结构

提交后由乌镇 PDBFixer 执行真实结构检测

等待上传

将 PDB 文件拖拽到这里，或点击选择支持 .pdb，文件大小 ≤ 50 MB优先选择原始、坐标完整的实验结构

ⓘ若 PDB 含小分子、金属或辅因子，默认保留并单独标注；非蛋白部分不会被静默删除。

蛋白链	残基数	重原子	残基范围
上传 PDB 后自动识别蛋白链

自动诊断

基于乌镇 PDBFixer 检测结果

等待结构

蛋白残基—

原子总数—

缺失重原子—

◇

缺失重原子含 CB、CG、CD 等碳原子及其他重原子

—

≋

主链原子缺失N / CA / C / O

—

⚑

缺失残基有序列依据的缺失片段

—

⬡

非标准残基磷酸化、糖基化等修饰

—

⌬

异源分子配体、辅因子、金属、水（不含水单独计）

—

残基 / 原子链 / 编号位置类型

检测完成后显示具体缺失原子

诊断结果由 PDBFixer 生成；缺失的整段残基、非标准残基及配体附近侧链需人工复核。

修复参数（自动应用）

检测完成后自动按以下参数修复

待诊断

自动补全缺失重原子包括缺失的碳、氮、氧、硫原子，例如 CYS487 的 CB

重建缺失残基仅对「有序列信息」的缺失片段重建（默认关闭）

自动添加氢原子依照选定的 pH 添加氢；关键 HIS 等质子化形式仍需检查

替换非标准残基将修饰残基转换为对应标准氨基酸（默认关闭）

添加氢时的目标 pH默认 7.0；不等于自动确定所有残基的真实质子化状态

异源分子处理配体、金属、辅因子须避免被错误当作普通蛋白参数化

⚠蛋白关键位点、二硫键、金属配位、配体结合口袋及缺失主链应在自动修复后人工复核。

提交后自动检测并修复，无需二次操作

⌕

结构预览

根据 PDB 中的 Cα 坐标绘制连线示意

Cα TRACE

等待上传 PDB

拖动旋转 · 滚轮缩放

Cα TRACE · 非原子级渲染

蛋白链缺失原子所在残基

输出与结果

PDBFixer 实际修复后的结构

未修复

原子数（前 → 后）—

残基数（前 → 后）—

新增重原子—

新增氢原子—

① 上传并解析 PDB等待原始结构

② 检查缺失原子 / 异源分子等待检测

③ PDBFixer 执行修复等待修复

④ 结果复核与下载等待结果

文件输出

PDB

input.pdb原始结构（始终保留）

PDB

fixed.pdb修复后结构（修复完成后可用）

{ }

summary.json诊断与修复摘要报告

修复结果由 PDBFixer 实际生成；不会伪造修复成功提示，也不会用原始 PDB 冒充修复后 PDB。